国际首个ReaxFF MD模拟结果轨迹化学反应分析程序系统VARxMD
国际首个ReaxFF MD模拟结果轨迹化学反应分析程序系统VARxMD
VARxMD (Visualization and Analysis of ReaxFF Molecular Dynamics)是课题组近年来为解决大规模ReaxFF MD模拟结果(10,000 ~ 100,000 atoms)的反应分析难题,基于化学信息学方法建立了ReaxFF MD反应分析与可视化程序系统。相比于国际上已有的ReaxFF MD的反应分析工具,VARxMD在处理大规模分子体系模拟结果方面具有领先优势和独特性,其反应分析功能建立在3D化学结构对唯一物种识别、物种反应位点识别、键类型识别的基础之上,可基于相邻时刻之间的成断键信息自动生成完整的化学反应列表,并进行反应位点的2D和3D结构可视化显示;再者,基于反应物或产物的化学结构、官能团和反应位点的检索,可进一步对反应路径进行分类,并图形化展示反应路径的演化。VARxMD的最新发展是特定反应物和特定生成物之间反应网络的自动生成与可视化。VARxMD已经在大规模ReaxFF MD模拟高温热解和氧化反应过程、揭示其复杂的反应机理应用中发挥了难以替代的独特作用。